Se han encontrado restos arqueológicos que delatan la presencia humana en las islas sobre el 3.500 a.d.C..
Fueron pisadas por los romanos incluyendo a Julio Cesar, y ya en la Edad Media fueron habitadas por diversas ordenes de monjes; benedictinos, franciscanos, orden de Cluny, etc. dejando hasta nuestro días los monasterios de San Esteban, en la isla del Faro, hoy dedicado a Centro de Interpretación de la Naturaleza y el monasterio de San Martiño en la isla Sur.

Hasta estas islas ha llegado el rey Alfonso IX y ya en el siglo XVI desembarco en ellas el pirata ingles Francis Drake.

A finales del siglo XIX habitan las islas 120 personas que forman la parroquia de San Francisco de Afora, perteneciente al municipio de Vigo, provincia de Pontevedra.
Se mantienen pobladas hasta finales del siglo XX (década de los 60).